Au-delà de son obligation horaire de service, le TZR d'enseignement perçoit des heures supplémentaires d'enseignement :

• s'il s'agit d'une affectation à l'année, mise en place d'HSA (heure supplémentaire/année)
• s'il effectue des remplacements
  - de moyenne et longue durées : versement d'HSA.
  - de courte durée (moins de 15 jours ouvrés) : versement d'HSE (heures supplémentaires effectives).

Les  travaux d'enseignement ponctuels sont rémunérés à l'heure effective (HSE).

(décret 50-581 du 25 mai 1950)
Un certain nombre de contraintes donnent droit à des diminutions ou à des majorations de service ;

• ainsi,  les contraintes liées aux fonctions de la personne  remplacée sont applicables aux TZR (voir les situations les plus courantes)
• celles liées à la personne même du TZR peuvent entraîner des diminutions de service (exemple : décharge syndicale accordée à un TZR).

• l'ISOE (Indemnité de Suivi et d'Orientation des Élèves : parts fixe et modulable),
• l'ISSZEP (Indemnité de Sujétion Spéciale Zone d'Éducation Prioritaire)
• la NBI (Nouvelle Bonification Indiciaire) pour tout remplacement en zone sensible
  (à noter toutefois que le versement de la nouvelle bonification (NBI) exclut le versement de l'indemnité ZEP. De plus, lorsque l'enseignant remplacé est en congé de maladie ordinaire ou de maternité, il conserve le bénéfice de sa NBI, dans ce cas, le TZR perçoit l'indemnité ZEP.)
• ou toutes autres indemnités propres aux statuts de l'éducation, orientation ou documentation.

(décret 89.825 du 9 novembre 1989)

La nomination en qualité de TZR ouvre droit, sous certaines conditions, au versement de l'ISSR (Indemnité de Sujétion Spéciale Remplacement). Ainsi :

• le TZR rattaché à un établissement perçoit l'ISSR pour toute nouvelle affectation en suppléance hors de son établissement de rattachement,
• le TZR affecté à l'année -postérieurement à la date de la rentrée scolaire- dans un ou plusieurs établissement(s) perçoit l'ISSR,

tandis que le TZR affecté à l'année dans un seul établissement ne peut prétendre à aucune indemnisation.

Lorsqu'un remplacement ayant commencé dès la rentrée scolaire se prolonge jusqu'à la fin de celle-ci, le versement de l'ISSR est interrompu dès lors que la dernière période de remplacement est connue.

Chaque jour de service de suppléance effectif donne lieu au versement de l'ISSR : le versement est par conséquent interrompu pendant les périodes de vacances scolaires ou lorsque l'enseignant est placé en congé maladie, maternité...

L'ISSR est mise en paiement par le service de gestion des personnels titulaires (DIPE 1 à 7 sauf 5) avec le traitement principal, à partir d'un imprimé spécifique établi par l'établissement de remplacement, conformément au tableau ci-après :

• les deux établissements n'appartiennent pas à des communes limitrophes
• son domicile n'est pas dans la commune de l'établissement secondaire,

Les frais de déplacement sont versés par le service financier SAB 3 du rectorat suite à la déclaration faite sur l'application Ulysse et au vu de l'emploi du temps et de la photocopie de la carte de grise du véhicule de l'intéressé. Les renseignements et les notes de service relatives aux frais de déplacement sont disponibles sur ETNA (rubrique carrière).

Le cumul entre l'ISSR et les frais de déplacement n'est pas possible.

Les conditions de la prise en charge des frais de transport fait l'objet chaque année d'une circulaire académique adressée aux établissements.
L'indemnité de sujétions spéciales de remplacement est exclusive de l'attribution de toute autre indemnité et remboursement des frais de déplacement alloués au même titre. Il en résulte donc que :

• le TZR rattaché à un établissement et effectuant des remplacements de courte et moyenne durée au titre desquels il perçoit l'ISSR ne peut prétendre au remboursement partiel de ses frais de transport qu'entre son domicile et son établissement de rattachement ;
• le TZR affecté à l'année (qui ne perçoit donc pas d'ISSR) peut prétendre au remboursement partiel de ses frais de transport entre son domicile et son établissement d'exercice .