L'appellation "établissement spécialisé" recouvre plusieurs types d'institutions accueillant des enfants et des adolescents malades, en situation de handicap, en difficulté scolaire ou en difficulté sociale.

Les établissements à caractère sanitaire accueillent les enfants et adolescents malades. Les établissements de santé et les maisons d'enfants à caractère sanitaire (MECS) sont des établissements publics ou privés qui sont placés sous la tutelle du ministère en charge de la santé. L'admission est prononcée sur prescription médicale. Chaque établissement est spécialisé dans le traitement d'un type de pathologie mentale ou physique. Des accords avec l'éducation nationale permettent dans certains cas l'organisation d'une scolarité à l'intérieur même de ces institutions.

Les établissements médico-sociaux accueillent les jeunes en situation de handicap. Établissements publics ou privés, leur organisation est réglementée par l'une des "annexes XXIV" au décret du 9 mars 1956 modifié. On distingue :

• les instituts médico-éducatifs (IME) qui regroupent les anciens IMP (instituts médico-pédagogiques) et les anciens IMPRO (instituts médico-professionnels) et accueillent les enfants et adolescents atteints de déficiences mentales
• les instituts de rééducation (IR) concernent les jeunes souffrant de troubles de la conduite et du comportement
• les établissements pour polyhandicapés s'adressent aux enfants et adolescents présentant des handicaps complexes, à la fois mentaux et sensoriels et/ou moteurs
• les instituts d'éducation sensorielle (handicaps auditifs ou visuels) portent des noms variables
• les établissements pour infirmes moteurs sont souvent appelés IEM (instituts d'éducation motrice).

 
L'orientation vers ces établissements relève exclusivement d'une décision de la CDA. Le coût de la prise en charge y est assuré par l'assurance maladie ; ils sont placés sous la tutelle des DDASS (directions départementales de l'action sanitaire et sociale) et la scolarisation est assurée par des enseignants de l'éducation nationale.

Les décisions de la CDA s'imposent aux établissements et aux organismes payeurs mais pas aux familles : vous avez donc toujours le droit de ne pas accepter une orientation si elle ne vous semble pas correspondre aux besoins de votre enfant.

Dans le cas d'une admission dans un établissement spécialisé, la proposition d'accueil en internat peut être justifiée par  l'éloignement ou pour des raisons éducatives ou thérapeutiques. Renseignez-vous, visitez les établissements proposés. Vous pouvez dans certains cas accepter l'orientation mais avec un régime de demi-pension. Certains établissements spécialisés peuvent proposer des formules souples d'internat  aménagé : l'enfant peut revenir au domicile une ou deux fois par  semaine.

Pour connaître les adresses des structures et des services hors éducation nationale, consulter l'annuaire  en ligne du Centre Régional pour l'Enfance et l'Adolescence Inadaptée (CREAI) des Pays-de-la-Loire

Les élèves en grande difficulté scolaire fréquentent les SEGPA et les EREA. Dans certains collèges, les SEGPA (sections d'enseignement général et professionnel adapté) accueillent à partir de 12 ans des élèves rencontrant de grandes difficultés d'apprentissage. Dans le cadre de projets individualisés des parcours de préparation à l'accès à une qualification professionnelle leur sont offerts. C'est également ce que proposent la plupart des EREA (établissements régionaux d'enseignement adapté) qui disposent en plus d'internats éducatifs. L'admission dans les structures de l'enseignement général et professionnel adapté est prononcée par la Commission départementale d'orientation vers l'enseignement adapté (CDOEA).